Le lac Beauport fait partie du bassin versant de la vallée de la rivière Jaune, sous-bassin qui s’intègre au grand bassin versant de la rivière Saint-Charles.
Organisme sans but lucratif, le Conseil de bassin du lac Beauport est composé d’un représentant de chaque association ou regroupement d’associations du bassin versant, d’un représentant de la Station touristique Lac-Beauport, de trois citoyens élus dont au moins un riverain du lac et un résidant du bassin versant, du conseiller responsable de l’environnement, d’un représentant de la Commission sur la qualité de l’environnement et d’un représentant désigné par la Ville de Québec.
Le Conseil de bassin sensibilise les riverains du lac et les propriétaires du bassin versant à l’importance d’utiliser des techniques d’aménagement écologiques. Il renseigne l’ensemble de la population sur la qualité de l’eau et sur les moyens de la préserver. Il encourage les projets de protection et de mise en valeur des rives, et les projets récréatifs et touristiques respectant l’harmonie des usages. Enfin, il favorise la coordination des activités des utilisateurs du lac Beauport.